Ubuntu 9.04のApacheの起動やファイルの管理ユーザがわからずに、勝手にapacheというユーザでファイルを作っていたらどうもおかしい。
調べてみると、www-dataというユーザが正しいらしい。。
$ cat /etc/apache2/envvars
export APACHE_RUN_USER=www-data
export APACHE_RUN_GROUP=www-data
export APACHE_PID_FILE=/var/run/apache2.pid
ファイルの権限を書き換えました。。